はじめに

令和7年11月19日に所得税法施行令の一部を改正する政令が公布され、マイカーなどの交通用具を使用して通勤する従業員への通勤手当の非課税限度額が引き上げられました。この改正は令和7年4月1日に遡って適用されるため、多くの企業で年末調整における精算処理が必要となります。「うちの会社は何をすればいいの?」「年末調整までにどんな準備が必要?」——人事労務担当者の皆様にとって、急な改正対応に戸惑われている方も多いのではないでしょうか。この記事では、社会保険労務士の視点から、今回の通勤手当の非課税限度額引上げの詳細と、実務上必ず押さえておくべきポイントを分かりやすく解説します。

（参照：国税庁「通勤手当の非課税限度額の引上げについて」）

通勤手当の非課税限度額とは?基本知識をおさらい

通勤手当における非課税制度の仕組み

通勤手当とは、従業員が自宅から勤務先まで通勤するために要する交通費を補助する目的で支給される手当です。給与の一部として支給されますが、一定の限度額までは所得税が課税されない「非課税」扱いとなります。

この非課税制度は、従業員の実費負担を軽減するという政策的配慮から設けられています。限度額を超える部分については課税対象となり、源泉徴収の対象となるため、企業は正確な給与計算が求められます。

非課税限度額の種類:交通手段別の取り扱い

通勤手当の非課税限度額は、通勤方法によって異なります。主な区分は以下の通りです。

• 公共交通機関を利用する場合:最も経済的かつ合理的な経路・方法で計算した1か月の定期券代相当額(上限15万円)
• マイカー・自転車通勤の場合:片道の通勤距離に応じた限度額
• 公共交通機関とマイカーを併用する場合:それぞれの限度額を合算した金額(上限15万円)

 

2025年11月改正の内容:非課税限度額の引上げ詳細

改正の対象と施行日

今回の改正は、自動車などの交通用具を使用している給与所得者に支給する通勤手当が対象で、令和7年11月20日に施行され、令和7年4月1日以後に支払われるべき通勤手当について適用されます。

重要なポイント:

• 公共交通機関のみを利用する場合の非課税限度額(月額15万円)は変更なし
• マイカー・自転車通勤の非課税限度額が引き上げられた
• 令和7年4月1日に遡って適用される

（参照：国税庁「通勤手当の非課税限度額の引上げについて」）

具体的な引上げ額:マイカー・自転車通勤の場合

片道の通勤距離に応じた非課税限度額が以下のように引き上げられました。

通勤距離が長いほど引上げ幅が大きく、特に45km以上の長距離通勤者への配慮が手厚くなっています。

（参照：国税庁「通勤手当の非課税限度額の引上げについて」）

なぜ今、非課税限度額が引き上げられたのか

ガソリン価格の高騰や物価上昇などの社会情勢を踏まえ、マイカーなどを使用して通勤している労働者の負担を軽減するため、この改正が行われました。現行の非課税限度額が制定された2014年以降、ガソリン価格は大きく上昇しており、自家用車で通勤している従業員の負担が増加していました。

また、令和7年8月の人事院勧告で国家公務員の通勤手当の引上げが勧告されたことを受け、民間企業の従業員についても同様の措置が取られることとなりました。

 

企業が行うべき実務対応:年末調整での精算が必須

遡及適用による年末調整での精算

今回の改正で最も注意すべき点は、令和7年4月1日に遡って適用されることです。改正前に既に支払われた通勤手当について、改正後の非課税限度額を適用した場合に過納となる税額がある場合には、本年の年末調整の際に精算することになります。

精算が必要なケース:

• 令和7年4月以降、マイカー・自転車通勤の従業員に通勤手当を支給している
• 支給額が改正前の非課税限度額を超えていたため、一部を課税として処理していた
• 改正後の非課税限度額を適用すると、その課税部分が非課税となる

（参照：国税庁「通勤手当の非課税限度額の引上げについて」）

年末調整での具体的な精算手順

精算は以下の手順で行います。

ステップ1:対象者の洗い出し 令和7年4月から11月までの給与で、通勤手当の一部が課税されていた従業員を抽出します。

ステップ2:非課税額の再計算 改正後の非課税限度額を適用して、本来非課税とすべきだった金額を計算します。

ステップ3:源泉徴収簿への記載 源泉徴収簿の余白に「非課税となる通勤手当」と表示して、計算根拠及び今回の改正により新たに非課税となった部分の金額を記載します。

ステップ4:年末調整での精算 年末調整時に、新たに非課税となった部分の金額を給与総額から差し引いて年税額を計算し、過納分を還付します。

（参照：国税庁「年末調整で精算する際の源泉徴収簿の記載例」）

実務例:Aさんのケース

Aさんは片道28kmをマイカー通勤しており、会社から月額20,000円の通勤手当を支給されています。

令和7年4月~11月の処理(改正前):

• 非課税限度額:18,700円
• 課税対象額:1,300円/月
• 4月~11月(8か月分):1,300円×8か月=10,400円が課税

改正後の再計算:

• 新非課税限度額:19,700円
• 非課税対象額:19,700円
• 課税対象額:300円/月
• 4月~11月(8か月分):300円×8か月=2,400円が課税

年末調整での精算額: 10,400円-2,400円=8,000円が過納 →この8,000円分の所得税が年末調整で還付されます

 

給与計算システムと就業規則の対応

給与計算システムの設定変更

12月の給与計算からは、新しい非課税限度額を適用する必要があります。給与計算システムや給与ソフトの設定を速やかに変更しましょう。

チェックリスト:

• マイカー通勤者の距離区分別限度額を新基準に更新
• システムベンダーから更新プログラムが提供されている場合は適用
• 12月支給分から新限度額で計算されるよう設定

就業規則・給与規程の見直し

通勤手当の支給額を「所得税法の非課税限度額まで」と規定している場合は、自動的に新限度額が適用されます。しかし、具体的な金額が明記されている場合は、規程の改定が必要です。

規程改定のポイント:

• 金額を具体的に記載せず、「所得税法に定める非課税限度額を上限とする」と記載することで、将来の法改正にも柔軟に対応可能
• 改定した場合は、従業員への周知も忘れずに

従業員への周知

改正内容は従業員にもしっかり周知しましょう。特に以下の点を伝えることが重要です。

• 令和7年4月に遡って非課税限度額が引き上げられたこと
• 年末調整で過納分の税金が還付されること
• 12月以降の給与での通勤手当の取り扱いが変わること

 

税務上の注意点と社会保険への影響

適用除外となる通勤手当

改正後の非課税限度額が適用されないケースとして、令和7年3月31日以前に支払われた通勤手当、および令和7年3月31日以前に支払われるべき通勤手当で同年4月1日以後に支払われるものがあります。

具体例:

• 3月25日に4月分の通勤手当を支給する場合:改正前の限度額を適用
• 4月10日に4月分の通勤手当を支給する場合:改正後の限度額を適用

支給日ベースで判断するため、給与の締日・支給日の関係に注意が必要です。

（参照：国税庁「通勤手当の非課税限度額の引上げについて」）

社会保険料への影響はあるのか?

通勤手当の非課税限度額引上げは、社会保険料には影響しません。

社会保険(健康保険・厚生年金保険)の標準報酬月額を算定する際、通勤手当は全額が報酬に含まれます。所得税の非課税・課税に関わらず、支給した通勤手当は社会保険料の計算基礎に含まれるため、今回の改正による保険料の変動はありません。

税と社会保険の違い:

• 所得税:非課税限度額あり → 今回の改正で影響あり
• 社会保険:全額が報酬 → 今回の改正では影響なし

 

2026年4月以降のさらなる改正予定

新たな距離区分の新設

人事院勧告では、2026年4月から自動車等通勤者向けに「65km以上~100km以上」の距離区分を追加し、上限を66,400円に引き上げることが予定されています。

さらに、1ヶ月当たり5,000円を上限とする駐車場等の利用に対する通勤手当を新設する予定もあります。

今後も通勤手当に関する制度変更が続く可能性があるため、最新情報を常にチェックすることが重要です。

まとめ:適切な対応で年末調整をスムーズに

令和7年11月に公布された通勤手当の非課税限度額の引上げは、マイカー・自転車通勤者に対する重要な改正です。特に通勤距離が10km以上の従業員がいる企業では、年末調整での精算対応が必須となります。

企業が行うべき対応のまとめ

• 対象者の確認：令和7年4月以降、通勤手当の一部が課税されていた従業員を洗い出す
• 年末調整での精算：改正後の非課税限度額で再計算し、過納分を還付
• 給与計算システムの更新：12月支給分から新限度額を適用
• 就業規則の確認：必要に応じて規程を改定
• 従業員への周知：改正内容と年末調整での還付について説明

 

年末調整は多くの企業にとって繁忙期ですが、今回の遡及適用による精算を見落とすと、従業員が本来受け取るべき還付を受けられなくなってしまいます。早めの準備と正確な対応が求められます。

「自社の通勤手当規程は適切か?」「年末調整の精算計算が複雑で不安」など、疑問や不安がある場合は、ぜひ社会保険労務士にご相談ください。

当事務所では、給与計算や年末調整に関する総合的なサポートを行っております。通勤手当の見直し、就業規則の整備、給与計算のアウトソーシングまで、企業の労務管理を幅広く支援いたします。お気軽にお問い合わせください。

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よくある質問(FAQ)

Q1. 3月25日に4月分の通勤手当を支給した場合、改正後の非課税限度額は適用されますか?

A. 3月25日に4月分の通勤手当が支払われた場合は改定前の非課税限度額を適用します。適用の判断は「支払われるべき日」ではなく「実際に支払われた日」で行います。就業規則や賃金規程に従って翌月分の通勤手当を前月に支払っている場合は、3月に支払った通勤手当が4月分であっても改正前の非課税限度額を適用することになります。一方、4月10日に4月分の通勤手当を支給する場合は「4月1日以後の支給」となり、改正後の非課税限度額を適用します。

（参照：国税庁「通勤手当の非課税限度額の引上げについて」）

Q2. 公共交通機関のみを利用している従業員も年末調整での精算が必要ですか?

A. 公共交通機関のみを利用する場合の非課税限度額(月額15万円)は今回の改正では変更されていません。したがって、公共交通機関のみを利用している従業員については、年末調整での精算は不要です。今回の改正対象は、マイカー・自転車などの交通用具を使用している従業員のみです。ただし、公共交通機関とマイカーを併用している場合で、マイカー分の非課税限度額が引き上げられたケースでは精算が必要となる場合があります。

Q3. 年の途中で退職した従業員への対応はどうすればよいですか?

A. 年の途中に退職した人などに対し、既に給与所得の源泉徴収票を交付している場合には、再交付が必要になります。退職者は年末調整の機会がないため、改正後の非課税限度額を適用して源泉徴収票を再発行し、本人に交付する必要があります。退職者本人が確定申告を行う際に、正しい非課税額に基づいた源泉徴収票が必要となるためです。再交付の際は、改正による変更があったことを退職者に説明し、確定申告での精算を案内することをおすすめします。

（参照：国税庁「通勤手当の非課税限度額の引上げに関するパンフレット」）

 

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